Završio je Vojnu akademiju Kopnene vojske JNA, a u rujnu 1991. je na poziv prvog hrvatskog predsjednika Franje Tuđmana prešao u Hrvatsku vojsku.

Tijekom svoje karijere u hrvatskoj vojsci je obnašao najviše zapovjedne dužnosti: zamjenik načelnika Zapovjedništva zbora narodne garde, zamjenik načelnika Glavnog stožera Oružanih snaga RH, zapovjednik Sektora Zapovjedništva slavonskog bojišta Đakovo, zapovjednik Zbornog područja Zagreb. Bio je i zapovjednik Hrvatskog vojnog učilišta te pomoćnik načelnika Glavnog stožera Hrvatske vojske za borbeni sektor.

Bio je načelnik Glavnog stožera Oružanih snaga Republike Hrvatske od 2000. do 2002. godine, a s te dužnosti umirovljen je u činu stožernog generala. Zbog svojih zasluga u Domovinskom ratu i stvaranju Hrvatske vojske primio je brojna odlikovanja: Spomenicu Domovinskog rata, Red Nikole Šubića Zrinskog, Red bana Josipa Jelačića, Red hrvatskog pletera, Red kneza Domagoja s ogrlicom i Velered kralja Petra Krešimira IV. s lentom i Danicom.

Dodatno, dobio je medalje Oluja i Bljesak te pohvalu i nagradu ministra obrane i načelnika Glavnog stožera. Stipetić je prema prvotnom planu za provedbu Oluje poslan u Slavoniju kako bi spriječio mogući napad iz Srbije i još uvijek okupiranog Podunavlja. Istovremeno, operacije na Baniji bile su povjerene generalu Ivanu Basarcu.

Prema riječima njegovih kolega, tadašnji ministar obrane Gojko Šušak pozvao je generale i tražio ih da potpišu dokument -pristupnicu HDZ-u. Stipetić je to odbio.

"To mu nikad nisu oprostili. Da su mogli, riješili bi se Stipetića davno prije, no Tuđman je znao koliko je Stipetić ne samo sposoban nego i koliko je neophodan hrvatskoj vojsci", rekao je satnik Miroslav Vidović, pomoćnik za sigurnost i bliski suradnik generala Stipetića.

Petar Stipetić je preminuo 14. ožujka 2018. godine u Zagrebu, dok je 20. ožujka održana komemoracija na kojoj su njegovi suborci progovorili o njegovoj profesionalnosti i stručnosti kao vojnika, ali i njegovim iznimnim ljudskim osobinama.