Prvi je njegov znanstveni rad bio iz astronomije: O Sunčevim pjegama. Razvio je prvu zadovoljavajuću teoriju luminiscencije. Prvi je odredio nepravilan oblik Zemlje, poslije nazvan geoid. 

Autor je glasovitog djela Teorija prirodne filozofije svedena na jedan jedini zakon sila koje postoje u prirodi. Najvažniji Boškovićev prinos znanosti njegova je teorija strukture tvari, sustavno izložena u Boškovićevom glasovitom djelu Philosophiae naturalis theoria.

Iako se u Dubrovnik navratio samo jednom, 1747., Ruđer Bošković je ostao vezan uz rodni grad cijeloga života obavljajući diplomatske misije za Republiku. Nije zapustio ni materinski hrvatski, o čemu svjedoči korespondencija s braćom Barom i Božom i sestrom Anicom, piše Gradoplov Radio Dubrovnika.