Tom važnom događaju za kulturnu povijest Hrvatske nazočni su bili gotovo svi tadašnji uglednici, od hrvatskog bana Ivana Draškovića s mnoštvom velikaša do zagrebačkog biskupa na čelu crkvene svite.

Školska je obuka odmah počela u tri niža razreda, a do1613.godine  otvorena su još tri viša razreda. Već prve godine u školu se upisalo čak 200 učenika, od kojih veliki dio iz redova građana i seljaka.

Do 1773. godine Gimnaziju su vodili i njome upravljali Isusovci po svojoj jedinstvenoj naučnoj osnovi ''Ratio studiorum''.

Nastavni jezik bio je latinski. U vrijeme carice Marije Terezije isusovački red je ukinut pa je upravu Zagrebačke gimnazije preuzela državna vlast i tako je ostalo do 1850. godine.

Nastavni jezik je i dalje latinski, ali se puno pažnje posvećivalo i materinjem jeziku. Po tom nastavnom planu učile su se i prirodne znanosti.

Od 1945. u zgradi djeluje VI (ženska) gimnazija. Škola 1954. postaje VI Mješovita gimnazija koja je 1977. godine ukinuta i ulazi u sastav Ugostiteljsko - hotelijerskog centra.

Godine 1990. ponovo je formirana gimnazija, a od 1991. školi se vraća stari naziv Gornjogradska gimnazija.

Od 1969. godine zgrada škole je zaštićeni spomenik kulture. U ovoj školi radili su i stjecali obrazovanje mnogi akademici, sveučilšni profesori, znanstvenici, javni i politički djelatnici kao što su August Šenoa, Miroslav Krleža, Vatroslav Lisinski, Ante Starčević i brojni drugi.