Nacionalni plan obuhvaća 31 bolnicu - kliničke bolničke centre, kliničke bolnice, klinike i opće bolnice kojima je osnivač Republika Hrvatska te one kojima su osnivači jedinice lokalne i regionalne samouprave. Bolnice obuhvaćane Nacionalnim planom imaju najveći potencijal za funkcionalnu integraciju, jer u većoj ili manjoj mjeri pružaju slične ili istovrsne usluge bolničke zdravstvene zaštite.

Nacionalni plan predviđa funkcionalnu integraciju bolnica te postupno uvođenje promjena u razdoblju od tri godine, od 2014. do 2016. Temelji se na četiri regije zdravstvenog planiranja, koje su operativne i nemaju formalno-pravno značenje. Regije su određene radi lakšeg planiranja, organizacije i financiranja bolničkog sustava, odnosno kako bi se smanjile sadašnje razlike i velika odstupanja u bolničkim kapacitetima i modalitetima liječenja. To su:

1. Sjeverna i središnja regija koja uključuje Grad Zagreb i sljedeće županije: Bjelovarsko-bilogorsku, Karlovačku, Koprivničko-križevačku, Krapinsko-zagorsku, Međimursku, Sisačko-moslavačku, Varaždinsku i Zagrebačku.
2. Istočna regija koja uključuje Brodsko-posavsku, Osječko-baranjsku, Požeško-slavonsku, Virovitičko-podravsku i Vukovarsko-srijemsku županiju.
3. Južna regija koja uključuje Dubrovačko-neretvansku, Splitsko-dalmatinsku, Šibensko-kninsku i Zadarsku županiju.
4. Zapadna regija koja uključuje Istarsku, Ličko-senjsku i Primorsko-goransku županiju.

Gledajući sve bolnice obuhvaćene Nacionalnim planom (31), funkcionalna integracija predviđena je za njih 21 (67,7 posto), a preostalih 10 bolnica (32,3 posto) neće se funkcionalno povezivati.

Južna regija obuhvaća ukupno pet bolnica od kojih se za dvije bolnice ne predviđa funkcionalna integracija. To su Klinički bolnički centar Split i Opća bolnica Dubrovnik.

Za preostale tri bolnice Južne regije predviđena je funkcionalna integracija na sljedeći način: Opća bolnica Zadar iz Južne regije i Opća bolnica Gospić iz Zapadne regije; Opća bolnica Šibensko-kninske županije i Opća bolnica „Hrvatski ponos“ Knin.

Cilj Nacionalnog plana je poboljšati dostupnost i kvalitetu zdravstvene zaštite, uspostaviti regionalne mreže bolnica i omogućiti racionalnije upravljanje bolničkim resursima i troškovima, a u skladu s najboljom suvremenom europskom praksom. Izradili su ga za 200.000 eura francuski konzultanti Conseil Sante, odabrani na temelju međunarodnog natječaja, a trebao bi omogućiti ukupne uštede u roku tri godine od 400 milijuna kuna.