Napoleonove francuske trupe još su 27. svibnja 1806. ušle u Dubrovnik, pod zapovjedništvom generala Jacquesa Lauristona. Dubrovčani pri tome nisu pružali otpor.

Francuzi su preuzeli civilnu vlast u gradu. Na čelu im je bio maršal Auguste Marmont, koji je 31. siječnja 1808. godine, bez Napoleonovog znanja, dekretom raspustio dubrovački Senat i Vladu i time formalno ukinuo Dubrovačku Republiku.

Napoleon je naknadno dao pristanak na to. Teritorij Republike priključen je Napoleonovoj Kraljevini Italiji. Napoleon je osobno bio kralj Italije, a njegov posinak Eugen de Beauharnais (Jozefinin sin iz prvog braka) bio je potkralj. Maršal Marmont dobio je titulu vojvode od Dubrovnika (franc. Duc de Raguse), podsjeća portal Povijest.hr. 

Vojnici francuske vojske preuzeli su sve Urede, zaključali vrata, na njih stavili pečate. Republika je bila iscrpljena nametima, uništeno je pomorstvo, ali i trgovina sa zaleđem. Nakon nekoliko godina, dubrovačke klase su krenule ustajati protiv okupacije, a Austrijsko Carstvo pod zapovjedništvom Todora Milutinovića poslalo je svoje trupe pod izlikom da žele pomoći Dubrovčanima u svojim naumima. Zapravo su francusku vlast zamijenili svojom. 

Kako napominje Lujo Vojnović u 'Padu Dubrovnika', iako vlada Dubrovačke Republike nikad nije potpisala kapitulaciju niti se odrekla suvereniteta, što je po pravilima Klemensa von Metternicha koje je Austrija usvojila za Bečki kongres značilo da je trebala biti obnovljena, Austrijsko Carstvo je uspjelo uvjeriti druge saveznike da mu dopuste da zadrži teritorij Dubrovačke Republike Dok su mnogi manji i manje važni gradovi i bivše države bili primljeni na Kongres, to pravo je odbijeno predstavniku Dubrovačke Republike.Sve to je bilo u potpunoj suprotnosti sa svečanim ugovorima koje su austrijski carevi potpisali s Republikom: prvi potpisan 20. kolovoza 1684., u kojem car Leopold I. Republici obećava i jamči nepovredivu slobodu ("inviolatam libertatem"), te drugi iz 1772., u kojem carica Marija Terezija obećava zaštitu i poštovanje nepovredivosti teritorija i slobode Dubrovačke Republike.

Pokušali su dubrovački vrhovnici obnoviti Dubrovačku Republiku na Bečkom kongresu 1815. godine. Nijedna europska sila nije htjela razmotriti to. Nitkom nije bilo stalo ulaziti u novi rat zbog male državice, čiji stoljetni zaštitnik trulo Osmansko Carstvo nije bilo u snazi zamjeriti se zapadnim silama. Austriji osobito nije bilo stalo do obnove, jer se domogla cijele istočne jadranske obale. Sve do 1836. godine bilo je zabranjeno podizati zastavu sv. Vlaha, objavio je HRT.